Trasy nových dálnic jsou sporné [rešerše | kategorie: Dálnice – svět | Hospodářské noviny | Oldřich Zábojník | 9. 10. 2000] [tisk] Vysoké finanční náklady na dálnice v SR si vynutilo zpomalení jejich výstavby. Od roku 1996 přibývalo ročně 40 km nových úseků, což je pětinásobek předchozího tempa. Současná vláda proto zvolila takzvanou variantu B, s níž došlo k zastavení a zakonzervování tří dálničních úseků a odsunutí termínů dalších čtyř staveb. Toto přibrzdění bylo nevyhnutelné, protože představovalo jedinou možnou alternativu pro pokračování výstavby dálnic bez enormního zatěžování státního rozpočtu. V roce 1999 nebyl otevřen ani jeden nový dálniční úsek, protože 7,6 mld. Kč se použilo především na vyrovnání pohledávek stavebním firmám.
Hlavní kritika z mimovládní sféry směřuje k tomu, zda je pro zemi nejužitečnější pokračovat ve výstavbě rozestavěné severojižní dálnice Bratislava – Trenčín – Žilina – Poprad – Prešov – Košice, která podle některých výpočtů dopravně obslouží jen 57 % obyvatel a přitom si na severním Slovensku vyžádá vybudování velmi nákladných tunelů v celkové délce přes 20 km. Oponenti tvrdí, že trasa Bratislava – Nitra – Zvolen – Banská Bystrica – Ružomberok – Poprad – Prešov – Košice by byla levnější a časově i energeticky by efektivněji obsloužila až 90 % obyvatel SR.